1939: Fundación de la Hermandad.

1942: Primera salida penitencial con el Nazareno de las Lágrimas, de la parroquia de la Pastora, estrenándose así el Lunes Santo de nuestra Semana Santa Isleña.

1943: Bendiciónde la imagen de Nuestro Padre Jesús de los Afligidos, obra de D. Antonio Castillo Lastrucci. Realiza su primera salida penitencial el 19 de abril de 1943, Lunes Santo.

1944: Bendición de María Santísima de la Amargura y las Santas Mujeres, también del mismo imaginero.

          Se erige canónicamente en la Iglesia del Cristo de la Vera-Cruz, aprobándose las reglas.

1954: Se estrena la corona de la Virgen de Seco Velasco, comenzando así la renovación de los enseres con encargos en orfebrerías sevillanas.

1960: Se estrena el primer paso dorado de la Hermandad y de la Semana Santa Isleña, con diseño de Pérez Calvo.

1964: Se celebra el XXV aniversario Fundacional de la Hermandad.

1975: Se celebra por primera vez los cultos dedicado a Mª Stma. de la Amargura. Se expone también por primera vez en besamanos.

          Los jóvenes de la hermandad organizan por primera vez la campaña de Navidad de recogida de viveres.

1977: Traslado a la nueva Parroquia del Santo Cristo.

1978: Obtiene el título de Sacramental. 

         Como novedad en nuestra ciudad, quedó montado por primera vez el Altar de Insignia, donde se exponían todos los enseres del cortejo.

1979: Se comienza a editar el boletín Siembra.

1986: Se expone por primera vez en besamanos a Jesús de los Afligidos.

1987: Se celebra por primera vez el besamanos a Mª Stma. de la Amargura el 8 de diciembre, festividad de la Inmaculada Concepción.

1989: Se celebra el Cincuentenario de la fundación de la Hermandad.

         Como complemento al antiguo almacén de la calle San Ignacio, se alquila una casa en la calle Churruca nº 5 (antes nº 11). Precisamente donde antes estuvo la Academia Ramos.

1991: Se celebra por primera vez Función Solemne dedicada a Santo Tomás de Aquino.

1992: Comienza la redifinición estética de la Hermandad con el cambio de la capa por la cola, en la Junta y hermanos de insignias, igualándose todos los hermanos.

1993: Estreno del actual paso de misterio, obra de Antonio Martín. Se termina en 2002.

2002: Se completa el misterio con la imagen de San Juan Evangelista, obra de Jesús Méndez Lastrucci.

2003: Obtiene Carta de Hermandad con la Orden de Predicadores, frailes Dominicos de la provincia de Andalucía.

          Se efectúa el segundo retoque de la túnica, sustituyendo los fajines de tela grana por los de esparto en su color.

          Celebración del XXV aniversario del título de Hermandad Sacramental.

2004: Se le reconoce como Titular de la Hermandad, a Santo Tomás de Aquino, patrón de los estudiantes.

2007: Se estrena la nuevas túnicas con unos patrones más depurados y con antifaces granas más oscuros.

         Se estrena la primera túnica bordada para Jesús de los Afligidos, iniciandose así toda la obra de bordados para el misterio.

2008: Se firmaba ante notario la escritura de la nueva casa de hermandad, situado en la calle Doctor Arcos de la Plaza, nº 2.

2009: Se aprueba por Urbanismo el proyecto de la nueva casa de hermandad y se contrata la empresa constructora.

2010: Nuestra hermandad se instala en la nueva casa de hermandad y continua completando la misma.

2012: Se bendice la nueva casa de hermandad.

2014: Nuestro Padre Jesús de los Afligidos preside el Vía Crucis de la hermandades de San Fernando.

          Se celebra el LXXV aniversario de la fundación de la Hermandad.

          Jesús de los Afligidos luce por primera vez unas potencias.

2018: Nuestra Hermandad participa con su paso de misterio en el Vía Crucis Diocesano celebrado en la capital gaditana.

2021: Se bendice la imagen de Santo Tomás de Aquino, obra de Manuel Luque Bonillo.